Theo đó, việc giám sát mực nước lưu vực sông sử dụng Hệ quy chiếu và Hệ tọa độ toàn cầu WGS-84, phép chiếu Geographic. Độ cao mực nước lưu vực sông khi tính toán quy chiếu về mặt tham chiếu Geo-ô-ít toàn cầu EGM2008.
Chương II của Thông tư quy định cụ thể các nội dung: Thu thập và nhập dữ liệu; Xác định tọa độ của trị đo cao vệ tinh; Xác định tọa độ địa lý chính xác của trạm ảo; Tính toán độ cao mực nước; Xuất dữ liệu sang dạng ASCII; Chiết tách trị đo theo đối tượng mặt nước; Tính toán mực nước trung bình và độ chính xác; Giám sát biến đổi mực nước lưu vực sông; Sản phẩm giám sát mực nước lưu vực sông; Kiểm tra, nghiệm thu và giao nộp sản phẩm.